เรื่องราวเกิดขึ้นรอบตัวเด็กหนุ่มนักบินวัย 15 ปี “เคลาส์ วัลกา” และต้นหนของเขา “ลาวี่ เฮด” ทั้งสองมีอาชีพส่งไปรษณีย์ทางอากาศของอนาโทเรย์ แม้ว่าปกติพวกเขาจะรับงานระดับต่ำหรืองานที่ไม่เสี่ยงอันตรายนัก แต่แล้ววันหนึ่งพวกเขาจำต้องรับงานอันตรายระดับเจ็ดดาว (เทียบจากระดับสูงสุดคือระดับสิบ)ต่อจากนักบินที่กำลังจะตาย คือการนำเด็กสาว ชื่อ “อัลวิส แฮมิลตัน” ไปส่งยังยานรบปริศนา “ซิลวาน่า” แต่เมื่อพวกเขาสามารถนำเธอไปส่งถึงที่หมายแล้ว เคลาส์กลับไม่แน่ใจในความปลอดภัยของอัลวิส และตัดสินที่จะอยู่บนซิลวาน่ากับเธอ

ในตอนแรกลูกเรือซิลวาน่าปฏิบัติกับเคลาส์และลาวี่ในฐานะผู้บุกรุก แต่ไม่นานพวกเขาก็กลายเป็นเพื่อนกับลูกเรือซิลวาน่า พวกเขาพบว่าพวกกิลด์พยายามจะจับตัวอัลวิสด้วยจุดประสงค์บางอย่าง ในระหว่างการต่อสู้ครั้งแรกระหว่างกิลด์และซิลวาน่า “ดีโอ เอราเคลีย” หนึ่งในสมาชิกของกิลด์สนใจทักษะการบินของเคลาส์ ดีโอยอมให้ลูกเรือซิลวาน่าจับตัวเป็นเชลยเพื่ออยู่บนซิลวาน่า และบอกกลอนปริศนา 1 ใน 4 บท แก่ “อเล็กซ์ โรว์” กัปตันของซิลวาน่า ซึ่งเป็นกุญแจที่ใช้ในการควบคุม “เอ็กไซล์”

เมื่อ “โซเฟีย ฟอสเตอร์” รองกัปตันของซิลวาน่า ซึ่งความจริงคือธิดาของจักรพรรดิแห่งอนาโทเรย์ เดินทางกลับไปยังเมืองหลวงตามคำขอร้องของนายกรัฐมนตรี หลังจากจักรพรรดิถูกปลงพระชนม์ระหว่างที่ดิซิทโจมตีเมืองหลวง โซเฟียขึ้นครองบัลลังก์ และเจรจาเป็นพันธมิตรกับดิซิท เพื่อยึดเอ็กไซล์และยุติอำนาจปกครองของกิลด์ โซเฟียเผยกับเคลาส์ว่าอัลวิสมีความเกี่ยวข้องกับกลอนปริศนาและเอ็กไซล์ แต่ขณะที่แผนการกำลังดำเนินไปนั้น กิลด์ก็บุกจู่โจมซิลวาน่า จับ อัลวิส ดีโอ อเล็กซ์ และเคลาส์ ไปยังเมืองลอยฟ้าของกิลด์

“เดลฟิเน่ เอราเคลีย” มาเอสโตร หรือผู้นำสูงสุดของกิลด์ ผู้เป็นพี่สาวของดีโอ เผยกับเคลาส์ว่าเอ็กไซล์คือยานอพยพที่ใช้นำผู้คนมายังดาวดวงนี้ และเธอจะใช้อัลวิสและกลอนทั้ง 4 บท ในการควบคุมเอ็กไซล์ แต่เคลาส์ อัลวิส และดีโอหนีออกมาได้ เคลาส์และอัลวิสกลับมาพบกับลาวี่ ขณะที่กองกำลังพันธมิตรเข้าโจมตีกิลด์ กองบินติดตามเอ็กไซล์ผ่านแกรนด์ สตรีม ไปยังดิซิท พวกเขาสามารถทำลายกองกำลังของเดลฟิเน่ได้ หลังจากเคลาส์และอัลวิสต่อกลอนปริศนาได้สมบูรณ์ เอ็กไซล์ก็เปลี่ยนรูปร่างเป็นยานอพยพ พร้อมที่จะนำผู้คนอพยพไปยังโลกใหม่